Seit der Titelheld in "The Sands Of Time" den magischen Zeitsand befreit und durch eine List dem Schicksal ein Schnippchen geschlagen hat, verfolgt ihn die unheimliche Kreatur Dahaka: Der Prinz soll mit seinem Leben dafür zahlen, dass er in seinem jugendlichen Eifer die Zeit manipuliert hat. Gut, dass ihm ein weiser Mann von der Insel der Zeit berichet, die es nun zu durchkämmen gilt. Doch Schiff und Besatzung des Prinzen gehen vor der Ankunft verloren, ebenso wie sein Schwert. Ein hölzerner Stab dient als notdürftiger Ersatz für die scharfe Klinge. Doch nicht lange, denn der Prinz kann sich neuerdings der Waffen seiner vielen Feinde bemächtigen. Hinzu kommen zahlreiche neue Comboattacken: Ob Radschlag, Hechtsprung oder Konterangriff - der Prinz hat viel dazugelernt. Doch nur mit der richtigen Taktik wird der Spieler dem erweiterten Repertoire an Endgegnern Herr, darunter monströser Sandtroll und geflügelte Chimäre. Neben Kämpfen spielen die Kletter- und Geschicklichkeitspassagen wieder eine große Rolle. Glamourös springt, schwingt und hangelt sich der Prinz durch die verwinkelte Architektur der Inselfestung. Gähnende Abgründe überwindet er spielerisch mit einem waagerechten Spurt an der Wand entlang, während schmale Zugänge im Zickzacksprung erklommen werden.